Az a viszonylagos tolerancia, amely a város zsidó és nem-zsidó lakosainak kapcsolatát alapjában jellemezte, az 1930-as évek végén megszűnt. A kormánypárt a "zsidókérdést" a közbeszéd egyik központi témájává tette, és 1938 után a zsidótörvények megalkotásával folyamatosan napirenden tartotta. A háború miatt kiéleződtek a szociális feszültségek. Makó nagy múltú ellenzéki pártjai (Kossuth-párt, szociáldemokrata párt) meggyöngültek, a szélsőjobb ereje és befolyása növekedett. Mindezek megerősítették a lakosság egy részében a zsidókkal szemben érzett előítéleteket. 1944 májusára megvalósult a kormányzat három legfontosabb elképzelése Makón is: egyrészt a zsidóságot kiszorították a gazdaság, a közélet és a kultúra minden területéről, másrészt megfosztották őket vagyonuktól és legfontosabb életfeltételeiktől, majd elkülönítették, gettóba koncentrálták őket. Ekkorra a makói zsidó férfiak többsége már munkaszolgálatot teljesített. Legtöbbjüket az ország határain túlra hurcolták, ahonnan sokan soha többé nem tértek vissza.

A makói gettó létrehozása

A gettórendelet (1944. április 7.) értelmében a gettó kijelölése valamint a koncentrálás végrehajtása a helyi közigazgatás feladata volt. A Ferenczy Béla alispán és Bécsy Bertalan polgármester vezette közigazgatási apparátus rendre végrehajtotta a zsidókat korlátozó kormányrendeleteket; sőt Bécsy és Ferenczy nemegyszer azoknál szigorúbb rendelkezéseket hozott. Május 2-án Makóra érkezett Endre László zsidó ügyekért felelős államtitkár, aki arra utasította az alispánt, hogy a gettót az üzemen kívül helyezett városi téglagyárban jelölje ki. Ferenczy még aznap szemlét tartott, és úgy döntött, hogy a létesítmény alkalmatlan több mint ezer ember elhelyezésére. Ezért a zsidóság részére a város alacsonyan fekvő, vizes, főként szegényparasztok lakta részét, Honvéd- ot jelölte ki lakóhelyül. Átmeneti megoldásként - amíg a honvédiak kiköltöznek - a zsidóknak a város központjában lévő "történelmi gettóba" kellett költöznie. Ide május 17 és 20. között kellett áttelepülniük azoknak, akik más városrészben laktak. Mivel a leltározás lassan haladt, a polgármester a beköltözés idejét három nappal meghosszabbította. Így május 23-ra Makó és három járás zsidósága, kb. 1750 ember a "történelmi gettó"-ba költözött. A gettóba csak a legszükségesebb dolgaikat vihették; a polgármester ezt a szokástól eltérően rendkívül szigorúan szabályozta. Bécsy Bertalan nem hozott létre zsidótanácsot a városban. A hitközségek közigazgatási elöljáróivá Hetényi Sándor neológ és Paskesz Fülöp ortodox hitközségi elnököt nevezte ki. 1944 májusában a rendőrségen előállították és brutálisan megverték Vorhand Mózes ortodox főrabbit. A 82 éves, idős pap túlélte a bántalmazást, de néhány nap múlva meghalt. Temetésére csak tíz férfit engedtek ki a gettógól, hogy elmondhassák a kaddist. Sírja ma a Makóról elszármazott ortodox zsidók zarándokhelye.

"...jelentem, hogy ma már Makón
 zsidó nincs."

Június 21-én megérkezett az SS deportálási parancsa. Eszerint a szegedi gyűjtőtáborba koncentrált zsidóságot három szakaszban szállítják el. A transzportok június 25-én, 27-én és 28-án indulnak. Egy szerelvény 45 vagonból áll, és háromezer főt szállít (egy-egy vagonba 70 embert zsúfoltak poggyászaikkal együtt). Az V. (szegedi) csendőrkerület területéről június 25. és 28. között összesen 21 489 főt deportáltak a hatóságok. Az első "zsidóvonat" június 25-én indult a rókusi pályaudvarról. "Borzalmas látvány volt - írta az egyik szemtanú - Az emberek hátán batyuk, ágyneműk, ruhák, élelmiszer szakszerűtlenül csomagolva, ahogy összekapkodtak megrémült emberek valamit földrengéskor vagy árvízkor." A célállomás Auschwitz volt. Ide az első transzporttal 3199 embert szállítottak, köztük számos makóit is. A kitért zsidók - utolsó életjelként - egy levelezőlapot dobtak ki a vagon ablakán. " A mai postával [...] levlap érkezett  - jelentette püspökének Csepregi Imre prelátus - kuszált írással, úgy látszik félve, s talán sötétbe írhatta, mely szerint Kassa felé halad a vonatjuk, és nem tudják hová kerülnek; mint nyáj egészen pásztor nélkül vannak." Kassán a magyar csendőröket SS katonák váltották föl. Az auschwitzi megsemmisítő táborba 3-4 napos út után, június 28-29-én érkezhettek meg. További sorsukról nem sokat tudunk. Minden bizonnyal velük is az történt, mint az odaszállított többi zsidóval: a 14 évesnél fiatalabbakat, a betegeket, az 50 évesnél idősebbeket és a büntetett előéletűeket azonnal a gázkamrába küldték. A többieket SS orvosok vizsgálták meg. Akiket gyöngének vagy betegnek találtak, szintén a gázkamrába küldték, a túlélésre szinte esély sem volt. Június 27-én a második szerelvény is elindult Auschwitz felé. Máig tisztázatlan körülmények között azonban a szegedi vagonokat Felső­zsol­cá­nál lekapcsolták, és az ausztriai Strasshofba irányították. Június 28-án az utolsó transzport is Strasshofba indult. Őket Ausztriában fontos ipari- és mezőgazdasági üzemekben dolgoztatták.

Miután a háború véget ért, az életben maradtak lassan hazatértek. Veszteségeik óriásiak voltak. 1941 és 1945 között - főként a genocídium idején - mintegy 1200 makói zsidót pusztítottak el.  Bűntelen gyermekek és öregek, nők és férfiak haltak meg az auschwitzi megsemmisítő-táborban, munkaszolgálatosként vagy valamelyik internálótáborban. Szülők, testvérek, barátok -  makói polgárok, akik már soha többé nem térhettek haza. Az emlékükre állított kőtáblára hitsorsosaik a következő föliratot vésették: "Mártírjaink emlékére. Kik életükben szerették egymást, a halál sem választja el őket. Emlékük szent és áldott."